如何進(jìn)行Variant Allel Frequency的分析，很多新手對(duì)此不是很清楚，為了幫助大家解決這個(gè)難題，下面小編將為大家詳細(xì)講解，有這方面需求的人可以來(lái)學(xué)習(xí)下，希望你能有所收獲。

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VAF是Variant Allel Frequency的縮寫，通常稱之為變異等位基因頻率， 計(jì)算公式如下

從公式上看，描述的是突變的allel對(duì)應(yīng)的reads數(shù)目占該位點(diǎn)所有read數(shù)目的比例，在VCF文件中，通常以AD這個(gè)字段表示allel的測(cè)序深度，多個(gè)allel的測(cè)序深度用逗號(hào)連接，DP表示該位點(diǎn)總的測(cè)序深度， 舉例如下

AD = 4,8
DP = 12

AD這個(gè)字段有4和8兩個(gè)allel, 在二倍體生物中，第一個(gè)數(shù)字代表ref allel的測(cè)序深度，第二個(gè)數(shù)字代表alt  allel的測(cè)序深度，所以該位點(diǎn)在該樣本中的VAF=8/12。

對(duì)于突變位點(diǎn)而言，還有一個(gè)頻率，稱之為MAF, 全稱是Minor Allel Frequency, 描述的是次等位基因在人群中的頻率，從這里也可以看出VAF和MAF的不同支持，這兩個(gè)概念都是針對(duì)allel 頻率而言的，MAF描述的是allel在人群中的頻率，而VAF描述的是allel在某個(gè)樣本中的頻率。

VAF的值的大小有什么含義呢？以二倍體生物為例，假設(shè)所有的細(xì)胞中該位點(diǎn)都是雜合的，那么50%的染色體上包含了ref allel, 另外50%的染色體上包含了alt allel, 則測(cè)序結(jié)果中該位點(diǎn)的VAF值應(yīng)該為0.5。對(duì)于germline genotype而言，一個(gè)可靠的突變位點(diǎn)其VAF的值應(yīng)該在0.5附近。

如果VAF偏離0.5很多，說(shuō)明對(duì)應(yīng)的染色體區(qū)域在細(xì)胞中不在是兩拷貝了，比如VAF的值為0.25， 說(shuō)明包含alt allel的染色體占1/4, ref allel的染色體占3/4, 按照所有細(xì)胞突變情況完全一致的假設(shè)，只有當(dāng)每個(gè)細(xì)胞中出現(xiàn)了三份拷貝，兩份拷貝是ref allel, 一份拷貝是alt allel時(shí)，會(huì)出現(xiàn)0.25的情況。

對(duì)于生殖變異的檢測(cè)，認(rèn)為其VAF的偏移來(lái)源于拷貝數(shù)的變化，對(duì)于體細(xì)胞檢測(cè)而言，更多的認(rèn)為VAF的偏移來(lái)源于腫瘤細(xì)胞的異質(zhì)性。在腫瘤組織取樣時(shí)，不可避免的會(huì)混入正常的體細(xì)胞，而且考慮到腫瘤微環(huán)境本身的復(fù)雜性，在腫瘤組織中也會(huì)浸潤(rùn)諸如免疫細(xì)胞等其他細(xì)胞類型，腫瘤細(xì)胞本身也可以劃分為不同的亞型，考慮到以上種種因素，腫瘤樣本是一個(gè)多種細(xì)胞類型的混合物，更多的認(rèn)為其VAF的偏移來(lái)源于不同細(xì)胞類型占比的變化。

在進(jìn)一步簡(jiǎn)化這個(gè)模型，將腫瘤樣本劃分為正常體細(xì)胞和腫瘤細(xì)胞兩種，ref allel等于正常細(xì)胞x2 + 腫瘤細(xì)胞， alt allel 等于腫瘤細(xì)胞，VAF的值就可以反映腫瘤細(xì)胞和正常細(xì)胞的比例，可以用來(lái)推測(cè)腫瘤純度。在腫瘤基因組研究中，還會(huì)將VAF當(dāng)做一個(gè)marker, 取樣本中所有位點(diǎn)VAF的均值當(dāng)做一個(gè)指標(biāo)，可以比較不同分組，不同腫瘤中VAF分布的差異，也可以根據(jù)VAF的高低將樣本分組進(jìn)行生存分析。

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網(wǎng)站題目：如何進(jìn)行VariantAllelFrequency的分析
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